Theo đó, đối với cơ quan cấp vụ và tương đương sẽ giữ ổn định 5 vụ gồm: Vụ Kế hoạch; Vụ Tài chính, Vụ Khoa học công nghệ và Môi trường; Vụ Hợp tác quốc tế; Vụ Pháp chế; Vụ Tổ chức cán bộ và Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ.
Như vậy, Vụ Quản lý doanh nghiệp được xóa bỏ và sáp nhập vào Vụ Tài chính, chuyển cơ bản chức năng, nhiệm vụ của Vụ Quản lý doanh nghiệp về Vụ Tài chính và các cơ quan, đơn vị có liên quan.
Đối với đơn vị cục, sẽ giữ ổn định 6 cục, bao gồm: Cục Trồng trọt; Cục Bảo vệ thực vật; Cục Chăn nuôi; Cục Thú y; Cục Quản lý xây dựng công trình; Cục Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn.
Theo Nghị định mới, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ không còn Tổng cục Phòng, chống thiên tai; Tổng cục Thủy lợi; Tổng cục Lâm nghiệp và Tổng cục Thủy sản như trước đây, thay vào đó là 6 cục chuyên ngành, bao gồm: Cục Thủy lợi; Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai; Cục Lâm nghiệp; Cục Kiểm lâm; Cục Thủy sản và Cục Kiểm ngư. Hợp nhất Cục Chế biến và Phát triển thị trường nông sản với Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản thành cục mới là Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường.
Trung tâm Tin học và Thống kê đổi tên thành Trung tâm Chuyển đổi số và Thống kê nông nghiệp trên cơ sở Quyết định số 942/QĐ-TTg ngày 15-6-2021 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 749/QĐ-TTg ngày 3-6-2020 của Thủ tướng Chính phủ. Trung tâm Tin học và Thống kê được tổ chức lại để thực hiện nhiệm vụ chuyển đổi số trong nông nghiệp, nhiệm vụ quản lý về phát triển và ứng dụng công nghệ thông tin, viễn thám, thống kê thuộc phạm vi quản lý nhà nước của bộ theo quy định của Chính phủ.
Trường Cán bộ quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn II đổi tên thành Trường Chính sách công và Phát triển nông thôn và tổ chức lại, bổ sung chức năng, nhiệm vụ, phạm vi hoạt động và chuyển sang mô hình tự chủ 100%, đồng thời bổ sung quy mô và đối tượng đào tạo để phù hợp với yêu cầu thực tiễn của ngành hiện nay.
Các tổ chức sự nghiệp công lập phục vụ quản lý nhà nước của Bộ gồm Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn; Trường Cán bộ quản lý Nông nghiệp và Phát triển nông thôn I; Báo Nông nghiệp Việt Nam; Tạp chí Nông nghiệp và Phát triển nông thôn được giữ ổn định chức năng, nhiệm vụ như quy định tại Nghị định 15/2017/NĐ-CP.